うう、いつのまに結構変わってますな。自分のアプリもloggerを使っていたのですが、モジュールmorganに分割されたので、使うにはpackage.jsonにmorganを追加と、コードにrequire('morgan')してごにょごにょ...。
こちらご覧くださいませ。わかりやすく書いてあります。
ExpressJS 4.0: New Features and Upgrading from 3.0 ― Scotch
まあ、モジュール化して切り出して、それらを使うときのコードもきれいに書ける方向のようです。
でも自分では、staticなhtml/jsをHTTPサーバとしてホストするのにしかExpressJS使ってないのですが。
